La loi d'Orientation pour l'Aménagement et le Développement du Territoire de 1995, dite loi Pasqua, a institué les Pays comme des territoires présentant une cohésion géographique, historique, culturelle, économique et sociale pour la mise en valeur des potentialités du territoire en s'appuyant sur une forte coopération  intercommunale et sur l'initiative et la participation des acteurs locaux. 

En 1996, Pierre PASQUINI, alors Maire de l'Ile-Rousse et Ministre des anciens combattants, impose la Balagne comme l'un des 42 pays-test. Une association de préfiguration est créée.

Septembre 2001 : Arrêté du périmètre d'étude du Pays de Balagne et rédaction de la Charte de Territoire
Décembre 2002 - Janvier 2003: Création des 3 communautés de communes de Balagne
Mars 2003 : Signature d´une Convention d´articulation de l´action sur les parties communes du territoire du Parc Naturel Régional de Corse et du Pays de Balagne
Avril 2003 : Création du Pôle Touristique de Balagne
Juin 2003 : 35 des 36 communes et les 3 communautés de communes ont délibéré pour approuver la charte de territoire
Novembre 2003 : Arrêté préfectoral portant reconnaissance du périmètre définitif du Pays de Balagne. L'association de préfiguration se transforme en association du Pays de Balagne présidée par les trois communautés de communes successivement.

S'appuyant sur sa charte de territoire, le Pays de Balagne décline une stratégie opérationnelle à travers les 31 actions du contrat de Pays 2005-2006 signé avec l'Etat, la CTC et le Conseil Général. Sur la même période, une convention de développement économique territorialisé adapte les aides à l'économie rurale de l'ADEC à la Balagne.
Une charte paysagère, architecturale, urbanistique et environnementale de Balagne est rédigée en 2007. Elle édicte des préconisations à l'attention des communes et des propriétaires fonciers.
En octobre 2008, une candidature est déposée au titre du programme Leader 2007-2013 pour bâtir une économie du tourisme patrimonial. Elle sera acceptée en février 2009.

Les trois communautés de communes de Balagne, fortes de leurs 7 ans d'existence, souhaitent s'engager dans une démarche prospective de développement. Reconnaissant la Balagne comme territoire pertinent de développement, elles initient conjointement un Schéma de Cohérence Territoriale de Balagne et créent la structure porteuse sous forme de Syndicat Mixte dont l'arrêté préfectoral sera publié le 31 décembre 2009. Dans un souci de cohérence et d'efficacité, elles dotent le syndicat mixte de 4 compétences :

- Le suivi et la révision de la charte de territoire du Pays.
- L’élaboration, le suivi et la révision du Schéma de Cohérence Territoriale de Balagne
- L’animation et le suivi du programme Leader 2009 – 2015 pour « bâtir une économie du tourisme patrimonial en Balagne »
- L’élaboration et le suivi d’un Agenda 21 local